『山形大学生新聞』を一昨年創刊した「山形大学生新聞会」は，その実体を知らない同窓会員から年間１０回発行に対し，１万円もの「賛助購読料」を集めてい ます。これまで本学では同会が本学と一切かかわりがないことをお知らせしてきましたが，同会が封筒に「学内のオピニオンリーダー」と表示し，山形大学の名 を冠した紙名を使っているため，同会を本学公認団体であると誤解させられて購読契約をしたり名刺広告を載せたりした同窓会員が多数いるばかりでなく，賛助 購読料をめぐる苦情が本学に寄せられることまで起こっています。
　『山形大学生新聞』１８号（平成１３年４月２０日発行）は，本学の卒業式で「君が代」が斉唱されたという虚偽の記述をしているばかりでなく，学長告辞を 無断で掲載するなどの著作権侵害まで行っています。山形大学は，本学学生が何らかのかかわりを持っているに過ぎない「山形大学生新聞会」なる外部の営利団 体が，本学との関係を誤解させる目的で，山形大学の名前を冠した紙名を使うことを決して認めません。

以下のように，『山形大学生新聞』には，背後組織を示唆している点が数多く見られます。

1. 『山形大学生新聞』は，全国大学連合原理研究会(「原理研」「ＣＡＲＰ」とも称する。)と無関係のように見えますが，同紙第９号から第１５号まで に連載された記事「２１Ｃの方程式」では，原理研の必読書『為に生きる』（文鮮明著）と同じ表現があるなど，原理研特有の表現が数多く見られます。
2. 『山形大学生新聞』に頻繁に広告を載せている「日本学生情報センター」は，その代表者全員が文鮮明による合同結婚式（１９８８年１０月３０日）に参加した，「原理系」団体です。
3. 原理研との関係を隠していない『京大学生新聞』の平成１１年１０月５日号の記事が『山形大学生新聞』第４号に転載されています。その他にも他大学の「原理系」新聞と共通の記事が数多く『山形大学生新聞』の「他大学通信」「書評」などの欄に転載されています。
4. 「山形大学生新聞会」の初代発行人は原理研の山大支部「山大ＣＡＲＰ」の責任者でした。