附属博物館は、人文科学、自然科学の各分野の資料を広く収集・保管し、展示・公開している総合博物館で、昭和27年に文部省から「博物館相当施設」とし て指定されています。関連学部における学芸員資格取得のための博物館実習を実施しているほか、「特別展」や一般市民を対象に「公開講座」を開講していま す。平成27年11月にリニューアルオープンしました。
　新しい展示室では、これまでは展示スペースの都合で常時お見せすることができなかった長谷堂城門扉は裏も表もじっくりとご覧いただけるようになりまし た。また、教員の研究成果を反映し、山形だけでなく地球全体のメカニズムを理解できる地学コーナーなどがあります。そして、博物館学を履修した学生たちが、博物館に気軽に入れるような工夫を考えて実現しました。